Programowanie w Javie dla biologów

Wstęp

Jak nazwa wskazuje, materiały są skierowane głównie do studentów biologii i kierunków pokrewnych, którzy niekoniecznie mieli wcześniej jakikolwiek kontakt z programowaniem.

Kurs ma przede wszystkim nauczyć podstaw programowania w Javie pod kątem możliwych zastosowań w naukach biologicznych. Staram się możliwie czesto bazować na przykładach związanych z naukami przyrodniczymi, przy okazji prezentując różne problemy z pogranicza bionauk, informatyki i pokrewnych dziedzin.

Warto też zajrzeć do materiałów dodatkowych, można tam znaleźć informację o instalacji wirtualnego Linuksa oraz tworzeniu środowiska programowania pod tym systemem a także dodatkowe zadania i zagadnienia.

Spis treści:

• 01 – Pierwszy program w NetBeans
• 02 – Struktura programu w Javie
• 03 – Od pomysłu do działającego programu
• 04 – Proste obliczenia
• 05 – Zmienne cz. I: tworzenie i rodzaje
• 06 – Zmienne cz. II: typy podstawowe – używanie
• 07 – Zmienne cz. III: rzutowanie i konwersja typów
• 08 – Interakcja z użytkownikiem w terminalu
• 09 – Instrukcje wyboru cz. I
• 10 – Instrukcje wyboru cz. II
• 11 – Operatory logiczne
• 12 – Pętle cz. I
• 13 – Pętle cz. II, wstrzymywanie programu, wyjście z pętli
• 14 – Zadania: Model Malthusa, dobór naturalny
• 15 – Tablice cz. I: tablice jednowymiarowe
• 16 – Tablice cz. II: parę sztuczek
• 17 – Tablice cz. III: tablice wielowymiarowe
• 18 – Obliczenia: liczby pseudolosowe, przydatne biblioteki i triki
• 19 – Metody
• 20 – Zadanie: automaty komórkowe, liczby dziesiętne i dwójkowe
• 21 – Rekurencja
• 22 – Zadania: obliczanie wartości π metodą Monte Carlo i na inne sposoby
• 23 – Klasy i obiekty cz. 1
• 24 – Klasy i obiekty cz. 2
• 25 – Klasy i obiekty cz. 3: dziedziczenie
• 26 – Interfejsy w programowaniu obiektowym
• 27 – Pakiety, biblioteki
• 28 – Łańcuchy znaków (String) oraz wyrażenia regularne
• 29 – JavaFX cz. 1: Pierwsze starcie
• 30 – JavaFX cz. 2: Troszkę bardziej złożona aplikacja
• 31 – Wrappery i typy generyczne
• 32 – Kolekcje i mapy
• 33 – JavaFX cz. 3: FXML i Scene Builder
• 34 – Wyjątki, czyli jak nie wykrzaczyć programu
• 35 – Zapis i odczyt plików tekstowych, pliki CSV
• 36 – Klasy anonimowe i wyrażenia lambda
• 37 – JavaFX: Listenery i binding czyli detekcja zmian w kontrolkach i synchronizacja wartości
• 38 – JavaFX cz. 4: Otwieranie plików, menu, tabela, wykres kołowy
• 39 – JavaFX cz. 5: rysowanie 2D
• 40 – Java i baza danych (SQLite)
• 42 – Aplikacja uruchamiana w wierszu poleceń (CLI – command-line-interface) z przekazywanymi opcjami
• 43 – Zadania do tablic jednowymiarowych

Materiały dodatkowe:

• • Wirtualny Linux z użyciem programu VirtualBox – instalacja
  • Wirtualny Linux – wstępna konfiguracja, instalacja programów i aktualizacja
  • Java 8 i NetBeans IDE – instalacja na Linuksie (Linux Mint, Ubuntu)
  • „Ściąga” z wybranymi wyrażeniami regularnymi (.pdf)
  • Java – życie poza Eclipse – czyli krótka instrukcja jak skompilować, uruchomić i spakować w .jar program w Javie poza Eclipse
  • Pierwszy program w Eclipse
  • Java – Proste GUI w Swing tworzone przy pomocy NetBeans IDE
  • Java, Swing – otwieranie i zapisywanie plików.
  • Java, Swing – textArea i manipulacje na tekście.
  • Java, Swing – jak umieścić grafikę (zdjęcie) w oknie?

Dodatkowe zadania:

• 41 – Zadanie: wpływ mutacji na frekwencje alleli