Twitter: @grzegg

Kurs Pythona – dla (neuro) biologów i nie tylko.

Tworzę kurs programowania w języku Python, przeznaczony głównie dla stawiających pierwsze kroki w programowaniu studentów neurobiologii, biologii i kierunków pokrewnych. Oczywiście może z niego korzystać każdy, ale wiele przykładów bazuje na znajomości, zwykle podstawowej, biologii czy genetyki. Kiedy np. analizujemy w programie sekwencję DNA, to nie tłumaczę, co dokładnie oznaczają literki A, C, G . . . → Czytaj dalej: Kurs Pythona – dla (neuro) biologów i nie tylko.

Skrypt do kursu „Molekularna filogenetyka roślin”

Pod adresem filogenetyka.ggoralski.pl umieściłem w formie skryptu online materiały dydaktyczne do prowadzonej przeze mnie części kursu „Molekularna filogenetyka roślin”. Są one w trakcie tworzenia. Nie są jeszcze kompletne, ukończone i dopracowane, zapewne zawierają błędy, które proszę zgłaszać w sekcji DISCUSSIONS lub za pomocą formularza „Kontakt” na tej stronie.

Jak zrobić drzewo filogenetyczne?

Umieściłem na stronie prezentację oraz pliki z danymi do prelekcji „Jak zrobić drzewo filogenetyczne?” dla sekcji biologicznej Krakowskiego Młodzieżowego Towarzystwa Przyjaciół Nauk i Sztuk. Dostępne tutaj.

Przegląd edytorów tekstu

Szukając dobrego edytora tekstu, czyli podstawowego narzędzia programisty czy bioinformatyka, warto zajrzeć na to zestawienie: https://www.slant.co/topics/12/~best-programming-text-editors

Java [42] – Aplikacja uruchamiana w wierszu poleceń (CLI – command-line-interface) z przekazywanymi opcjami

Wiele programów, także bioinformatycznych, uruchamia się podając nazwę programu a także zestaw opcji, które sterują sposobem działania programu, wskazują plik wejściowy oraz wyjściowy itp. Podczas tej lekcji napiszemy tego typu aplikację, która będzie odczytywała plik zawierający sekwencje nukleotydów DNA a następnie znajdywała szukaną sekwencję, odwracała ją i zmieniała w sekwencję komplementarną.

. . . → Czytaj dalej: Java [42] – Aplikacja uruchamiana w wierszu poleceń (CLI – command-line-interface) z przekazywanymi opcjami